Gründungsjahre
Nach der Grundsteinlegung am 15. Mai 1865 wurde am 10. Oktober 1870 der Lehrbetrieb an der Königlich Rheinisch-Westphälischen Polytechnischen Schule zu Aachen durch feierliche Eröffnung des Hauptgebäudes aufgenommen.
In den darauffolgenden Jahren organisierte sich der Studentenbetrieb auch in Form von Verbindungen, die vor allem nach Herkunft der Mitglieder bezeichnet wurden. Das Corps Marko-Guestphalia wurde am 2. Dezember 1871 als Corps Guestphalia von drei Studenten anderer technischer Hochschulen gegründet, die ihr Studium in Aachen aufgenommen hatten: García Granados aus Mexico-City (Corps Alemannia Karlsruhe), Schmidt-Tychsen aus St. Petersburg und Danco aus Amsterdam (beide Corps Saxonia Hannover).
Die erste Satzung basierte auf den Grundsätzen der Konstitutionen von Alemannia Karlsruhe und Saxonia Hannover. Das Corps Marko-Guestphalia ist damit das älteste Corps der RWTH Aachen. Mit dem ehemaligen Züricher Corps Rhenania wurde einen Tag später, am 3. Dezember 1871 der Aachener Senioren Convent (ASC), auch Aachener SC genannt, gegründet.
Guestphalia wurde am 17. Mai 1872 in den WSC aufgenommen. Viele der damaligen Mitglieder der Guestphalia stammten aus wohlhabenden Unternehmer- und Bankiersfamilien aus ganz Deutschland und dem benachbarten Ausland (Amsterdam, Christiansund, Luxembourg, Moskau, Riga, St. Petersburg). Aber nur sieben Jahre später stellte das Corps Guestphalia seinen operativen Betrieb aufgrund von Schwierigkeiten der Studenten und der Verbindungen mit der katholischen Bevölkerung und den dadurch sinkenden Studentenzahlen ein („Suspendierung“).
Nach der Jahrhundertwende
Am 2. März 1903 gelang es den wenigen überlebenden Alten Herren aus der Zeit von 1871 bis 1878, Guestphalia mit Hilfe zweier Angehörigen des Corps Obotritia Darmstadt und eines Hannoveraner Ostfalen wieder zu eröffnen. Ein Jahr später, am 11. November 1904, verschmolz Guestphalia mit der Verbindung Markomannia zum Corps Marko-Guestphalia.
Markomannia war am 12. November 1873 als Akademischer Verein der Maschinentechniker gegründet worden und hatte zunächst den Grundsatz der bedingten Genugtuung. Im Laufe der Jahre entwickelte sich Markomannia zu einer akademischen Verbindung. 1875 nahm man die Vereinsfarben blau-weiß-schwarz an, die am Bierzipfel getragen wurden.
Ab 1884 unterschied man zwischen Burschen und Füchsen, 1895 wurde der Grundsatz der unbedingten Satisfaktion angenommen und 1897 die Bestimmungsmensur eingeführt. Im Sommersemester 1900 erfolgte die Umwandlung zur Akademischen Verbindung Markomannia mit Corpsgrundsätzen, die ab dem Wintersemester 1900/01 öffentlich die Farben blau-weiß-schwarz trug.
Der Dachverband WSC stimmte der Fusion erst 1907 mit der Auflage zu, dass die 15 Alten Herren der Markomannia, die nicht gefochten hatten, das Band der Marko-Guestphalia nicht tragen dürften. Insgesamt hatte sich ab der Jahrhundertwende das Studentenleben in Aachen erholt, worauf steigende Studentenzahlen und ein wachsendes Studienangebot hinweisen.
Mit Beginn des Ersten Weltkrieges 1914 und der Einberufung der Studenten kam das studentische Leben zum Erliegen. Marko-Guestphalia suspendierte zwar nicht offiziell, wurde jedoch durch Krieg, Besetzung des Rheinlandes durch Frankreich und Belgien sowie zahlreiche Verluste an Corpsbrüdern so stark geschwächt, dass der Corpsbetrieb erst 1919 mit drei Kriegsheimkehrern, die 1914 aufgenommen worden waren, wieder aufgenommen werden konnte.
In den Folgejahren entwickelte sich der Studienbetrieb in Aachen wieder so gut, dass die RWTH ab Mitte der 20er Jahre stark expandierte. In dieser Zeit wurde auch ein Architektenwettbewerb ausgelobt, mit dem Ziel, Marko-Guestphalia ein eigenes Corpshaus zu bauen. Alle klassischen Entwürfe wurden verworfen und man entschied sich für einen Entwurf von Carl Kersten, der der bekannten Stuttgarter Schule angehörte. Das Corpshaus wurde am 3. Juli 1926 eingeweiht.
Das Corps zur NS-Zeit
Im Jahre 1933 wurde unter dem Druck der NS-Regierung wie überall sonst auch in den Studentenverbänden, auch im WSC, der „Ariergrundsatz“ eingeführt. Als man 1934 zudem den Ausschluss der „Judenstämmlinge und jüdisch Versippten“ aus den Verbindungen forderte, boten die jüdischen Corpsbrüder der Marko-Guestphalia den Austritt an, um das Corps nicht zu gefährden.
1934 wurden dann auf Anordnung des Reichsführers der Studenten alle Verbindungen in nationalsozialistische (NS-) Kameradschaften überführt. Das Studentenleben ließ sich zu dieser Zeit noch so gestalten, wie man es vorher durchführte, jedoch nahmen militärische Übungen innerhalb kürzester Zeit deutlich zu und die Studienpläne erlebten eine starke Veränderung.
Ein Jahr später beschloss der WSC am 20. Oktober 1935 seine Auflösung. Gleiches fand für die Marko-Guestphalia statt. Der sogenannte Feierliche Corpsburschenconvent (FCC) beschloss die Auflösung des Corps. Die Aktiven und Inaktiven werden in die AHV (Alte Herren Verband) übernommen. Die AHV nennt sich „Vereinigung ehemaliger Marko-Guestphalen“. Band und Mütze des Corps werden weitergetragen.
Die aktiven Studenten und ehemaligen Corpsburschen werden automatisch Mitglieder des NS-Deutschen-Studentenbund (NSDStB). Am 30. November 1941 wurde die Altherrenschaft der Marko-Guestphalia in die Kameradschaft Klonk überführt und bald darauf das Corpshaus auf die Kameradschaft Klonk übereignet. Das ehemalige Corps änderte seinen Namen in „Arminius“ anstelle der Bezeichnung „Kameradschaft Klonk“ (Arminius bezwang die Römer in der „Varus-Schlacht“).
Neugründung nach dem 2. Weltkrieg
Nach Kriegsende fanden sich die ehemaligen studentischen Mitglieder der „Arminius“ auf dem Corpshaus der Marko-Guestphalia ein, reparieren das schwerbeschädigte Haus während der nächsten Jahre und nehmen ab WS 1945/46 wieder am Hochschulbetrieb teil.
Ab 25. Februar 1948 durfte mit Genehmigung des britischen Hochschuloffiziers eine Studentenverbindung mit dem Namen „Corona Academica“ auf dem (Corps-)haus tätig werden. Im Juli 1950 wird das Corps Marko-Guestphalia wieder gegründet.
Die Neuzeit
1985 trat das Corps Marko-Guestphalia aus dem sogenannten Aachener Waffenring, einem Zusammenschluss aller schlagenden Verbindungen in Aachen, aufgrund deutlicher politischer Äußerungen bestimmter Verbindungen aus.
Mittlerweile ist das Corps wieder Mitglied im Waffenring, nachdem sichergestellt werden konnte, dass politische Äußerungen in dieser Art nicht mehr aufkommen würden.
Am 12. Oktober 1996 fusionierte Marko-Guestphalia mit Corps Albingia Aachen. Der Name, der Zirkel und die Farben bleiben jene Marko-Guestphalia. Mit der Fusion wurde das Corps eines der mitgliederstärksten im WSC.